南港埤塘這個在農業時代的重要產物，隨著農業的式微，它們的存在價值已然改變，如以現代農業的觀點來看，已不具存在價值，但以現代生態的觀點來看，它的存在代表著許多生命的繁衍。2010年時，知名作家張曉風女士為了202兵工廠裡的濕地，以一篇「報告總統，我可以有兩片肺葉嗎？」文章為題，投書媒體祈求暫停開發「國家生技研究園區」，避免造成這個區域的生態影響，引發各界關注。在此之前，多數的臺北市民恐怕少有人會注意到南港埤塘的存在，經爭議性話題的揭露，媒體的渲染，使許多人開始來開箱這片長期在軍管保護下的淺山場域，也開始關切這塊擁有天然埤塘溼地的未來。
同屬南港202兵工廠周邊重要濕地之「三重埔埤」與「新庄仔埤」，過去為農業重要之灌溉埤塘，亦是民生用水來源，見證南港的發展歷史；但隨著都市發展的擴張，使得這地區的農業逐漸沒落，埤塘則因人為開發之需求而漸次萎縮。202兵工廠裡的濕地是否值得保存，宜從區域內二個主要埤塘-三重埔埤、新庄仔埤的變遷歷程討論起。
壹、三重埔埤、新庄仔埤的演變歷程
南港區位於臺北市的東南隅，地形上北側為平原、南側為丘陵地區，其因受到地形與迎風面的影響，常年為其帶來豐沛的雨量，當雨落於南邊丘陵沖刷成山谷，並於底部形成濕地，其丘陵多、池塘多的特質使得位於高處的埤塘成為早期南港灌溉的主要方式。1770年間，先民進入南港開墾，築堤以提高三處濕地水位用以灌溉，即分別為今日之「三重埔埤」、「新庄仔埤」，以及現今南港公園內僅存一部分的「後山埤」。本文重心將置於南港 202 兵工廠周邊重要濕地，新庄仔埤位在國軍202兵工廠西側，現今南港公園對面，都柏林社區前方，三重埔埤則位在202兵工廠內，均是地方級的重要濕地，除具歷史意義外，且有生物棲息、排水蓄洪之功能，接續的討論以此二埤塘為軸。
一、三重埔埤之演變近況
民國39年政府徵收三重埔埤附近的土地，設立現今之南港202兵工廠，佔地185公頃，做為生產槍砲彈藥之用，自此三重埔埤水域受到軍方管制。民國63年四分溪截彎取直工程，使溪水不再匯流至三重埔埤，因而導致埤塘逐漸淤積，分裂為一大一小的二個埤塘，小埤塘為現今所稱之三重埔埤，大埤塘則在不斷的淤積縮小之後，民國93年遭軍方鋪上水泥作為人工滯洪池，及至現今中研院之「國家生技研究園區」開發計畫規劃時，在眾人矚目中，導入計畫將人工滯洪池恢復至過去三重埔埤風貌。
南港202兵工廠歷史悠久，三重埔埤完全位在兵工廠軍事管制區內，依常理，軍事管制區內長期受到軍方保護，受到外界的干擾很少，區內的生態或特殊人文景觀應得以保存；唯實際上至民國80年代大部分埤塘已填土覆蓋，剩下零星濕地分散各處。使現存的三重埔埤，雖有兵工廠長期的管制與低密度開發，使得僅存之小埤塘周圍生態豐富，而也因兵工廠裡的人為開發，使得水域面積僅存不到古時三重埔埤的十分之一。
二、新庄仔埤之演變近況
新庄仔埤是臺北現存最古老的天然埤塘，在古文獻中曾提及此埤塘面積廣大，在1776年時就有漢人陸續到新庄仔埤開發，灌溉範圍包含如今的忠孝東路六段之聯勤總部、玉成國小、及現在的捷運機廠。
近年來新庄仔埤的自然環境接連被破壞，包括1973年七星農田水利會將新庄仔埤標售給新陸開發公司，此事在當時引發極大的爭議，臺北市政府出面協調而暫時保留部分埤塘水域，但在己出售之埤地部分卻頻遭傾倒廢土、放置淤積等情況，使致面積不斷縮小。至2013年臺北市政府又將新庄仔埤洩洪道的土地出售予私人建商，再度引發當地居民民反彈，因此民間籌組南港新庄埤守護聯盟，期結合群體的力量，關心議題發展，監督政府，以守護新庄仔埤的生態環境。
貳、南港重要溼地及保育計畫與重要濕地定位
南港 202 兵工廠及周邊濕地由內政部於102年6月24日以臺內營字第 10208181141號函示，公告為地方級國家重要濕地。案件分析南港202兵工廠及周邊濕地環境與生態現況，調查發現周邊濕地範圍內三重埔埤與新庄仔埤歷史久遠，且水域與鄰近淺山森林連結，形成良好天然生態廊道與都市綠地， 除提供生物棲息、涵水、滯洪等功能外，更具有調節微氣候，為都會區營造舒適的居住環境，以及保存歷史文化之價值。依溼地保育法第九條規定綜合評估此一濕地之生物多樣性、自然性、代表性、特殊性及規劃合理性和土地管理機關之意願後，其濕地服務功能與價值達重要濕地之標準，建議南港202兵工廠及周邊暫定重要濕地列入「地方級重要濕地」。
民國108年臺北市政府據以策訂南港202兵工廠及周邊重要濕地(地方級)保育利用計畫，依資料蒐集、課題對策，擬定重要濕地-新庄仔埤、三重埔埤之發展定位。
一、三重埔埤之發展定位
三重埔位於南港202兵工廠內，因過去的四分溪截彎取直工程，使得埤塘缺乏水源而逐漸淤積，進而分裂為二個埤塘，其中較小的埤塘即為目前的三重埔埤。現國家生技研究園區透過復育人工濕地的方式，期望將較大的埤塘恢復為古三重埔埤之風貌，而隸屬重要濕地範圍之三重埔埤，水系仍與國家生技研究園區之人工濕地相連，因位於軍事用地範圍內，故周圍仍保有完整的自然淺山，是維持淺山生態系不可或缺的水域環境，為繼續維持三重埔埤一定的生態服務功能，將三重埔埤之發展定位在「維護生態多樣性」。
二、新庄仔埤之發展定位
新庄仔埤為臺北市難得的天然埤塘，與周邊的淺山系一同提供都會區中生物棲息的重要生態廊道，惟周邊人為開發行為，已影響新庄仔埤的生態功能，需透過復育策略以期回復以往之生態環境。新庄仔埤具有深厚的人文歷史背景，鄰近市民生活圈，具易達性，因此適合做為濕地生態及南港歷史的環境教育場域，並可兼具景觀休憩功能，可做為臺北市濕地明智利用的範例，將新庄仔埤定位在「都會型濕地明智利用典範」。
參、三重埔埤、新庄仔埤的保存價值與水資源管理
一、在文化價值面向
三重埔埤、新庄仔埤早期為先民開墾、灌溉及民生用水來源，見證南港的發展歷史，其中新庄仔埤更為臺北市現存最古老，且有古文記載的天然埤塘。埤塘原是一種自然地景，因著人們在周邊的定居、開墾，形塑了常民文化，隨著時間的改變，自然地景與文化交互作用所產出的結果即為文化地景。三重埔埤與新庄仔埤現今除已失去早期農業灌溉的功能，亦因人為開發及埤塘淤積使得水域面積逐漸變形、縮小，當人們逐漸忽略其存在價值的同時，它們仍持續著人文活動與埤塘的交互作用，此一歷程造就了三重埔埤與新庄仔埤的文化價值，成為南港地區重要且僅存的埤塘文化地景。
二、在景觀遊憩面向
不同於三重埔埤位於軍事管制區內，新庄仔埤可供一般民眾親近且易於到達，如配合生態教育設施及解說系統的規劃，可提升新庄仔埤的景觀遊憩及濕地生態環境教育價值，是都會區中難得的環境教材，可加強民眾與自然環境的鏈結，期望促進在地居民與溼地環境之互動，使整體溼地環境可永續經營。
三、在生態研究功能面向
位於軍事管制區內的三重埔埤，適合營造溼地生態棲地環境，提昇區域之生物多樣性，做為未來可提供周邊社區與學校進行環境教育及體驗之資源，並因具有軍事管制區的保護優勢，有利於多樣性生態系統的發展研究，可提供為埤塘溼地研究園區，與埤塘生態教育功能銜接。
四、在濕地水資源功能面向
於溼地水資源系統中，依據地形圖觀察，南港202兵工廠鄰近水系分屬於不同之集水區，東側集水區地表逕流朝向國家生技研究園區基地方向，匯入四分溪中游；西側集水區地表逕流朝向西北方向，注入新庄仔埤後匯入基隆河；南側集水區地表逕流朝向東南方向，匯入四分溪上游；北側集水區地表逕流朝向北方，匯入基隆河。現今新庄仔埤設有人工閘門管控水量，可儲存周邊區域匯流以及雨季暴雨之調洪，仍具有防洪及調節水位功能，對於新庄仔埤西側及西北側的聚落有延緩淹水的作用，然而因埤塘淤積日益加劇，將漸影響滯洪蓄水功能；而三重埔埤則設有涵管，水系與國家生技研究園區之人工濕地相通，除做為天然生態廊道外，仍能具涵水與滯洪功能。
被劃定為地方級重要濕地的三重埔埤及新庄仔埤，雖位於臺北都會區中，唯因三重埔埤長期位處重要軍事設施管制區內，一般民眾難有與三重埔埤互動的機會；而新庄仔埤雖位於管制區外，但受限部份區域為私人土地，亦難以讓濕地與周邊社區有直接互動。建議由政府規範建構南港埤塘文化與生態園區，透過復育棲地環境工作，公私協力，共同參與南港埤塘溼地營造與復育，除讓在地居民認識在地環境，也期能在無形中提高民眾認識南港埤塘在地特色的機會。